William C. Patrick III također će biti uključen u FBI-jevu Amerithrax istragu, iako je u početku bio osumnjičen za umiješanost u napade. Međutim, nakon što je prošao detektor laži, dodan je u FBI-jev “unutarnji krug” tehničkih savjetnika na slučaju Amerithrax, unatoč činjenici da je Patrickov štićenik, Stephen Hatfill, bio glavni osumnjičenik FBI-a u to vrijeme. Hatfill je kasnije oslobođen sumnje za suučesništvo u napadima, a FBI je na kraju za zločin optužio znanstvenika iz Fort Detricka po imenu Bruce Ivins, skrivajući “planinu” dokaza koji Ivinsa oslobađaju krivnje, prema bivšem vodećem istražitelju FBI-a.

U 1990-ima, Patrick je rekao suradnicima da želi pronaći nekoga tko će nastaviti njegov posao, što je na kraju pronašao u osobi Stephena Hatfill. Hatfillovo i Patrickovo prijateljstvo bilo je blisko, a jedan stručnjak za bioterorizam ih je nazvao “poput oca i sina”. Često su putovali zajedno i, povremeno, Hatfill bi vozio Patricka na njegove konzultantske poslove u vojnom i obavještajnom poduzeću SAIC. Godine 1999. Patrick će uzvratiti uslugu pomažući Hatfillu da dobije posao u SAIC-u. Godinu dana kasnije, Jerome Hauer, prijatelj i Hatfilla i Patricka, pridružit će se SAIC-u kao potpredsjednik.
Iste godine Hatfill je ponudio Patricku još jedan konzultantski posao u SAIC-u i naručio Patricka da izvede studiju koja opisuje “izmišljeni teroristički napad u kojem se u uredu otvara omotnica koja sadrži antraks kao oružje”. Baltimore Sun će kasnije izvijestiti da je Patrickova studija za SAIC raspravljala o “opasnosti od širenja spora antraksa zrakom i zahtjevima za dekontaminacijom nakon raznih vrsta napada” kao i o tome koliko bi grama antraksa trebalo staviti u standardnu poslovnu omotnicu da bi se izveo takav napad.
Patrickovo sudjelovanje u ovoj SAIC studiji posebno je zanimljivo s obzirom na to da je u to vrijeme bio uključen i u drugi projekt koji je uključivao antraks, a kojim je upravljao Battelle Memorial Institute. Godine 1997. Pentagon je izradio planove za genetski inženjering snažnije vrste antraksa (GoF – Gain of function), potaknut radom ruskih znanstvenika koji su nedavno objavili studiju koja je otkrila da je genetski modificirani soj antraksa otporan na standardno cjepivo protiv antraksa, barem u studijama na životinjama.
Navedeni cilj Pentagonovog plana, prema izvješću The New York Timesa iz iz 2001., bio je “vidjeti je li [antraks] cjepivo kojim Sjedinjene Države namjeravaju opskrbiti svoje oružane snage, učinkovito protiv tog soja.” Pentagon je ugovorio Battelleov pogon u West Jeffersonu u Ohiju za stvaranje genetski modificiranog antraksa, zadatak koji je nadzirao tadašnji Battelleov programski menadžer za svo biološko oružje, Ken Alibek. U članku New Yorker-a iz 1998., navedeno je da je William Patrick, također konzultant za Battelle i Alibekov “bliski prijatelj”, u to vrijeme radio s Alibekom na projektu koji je uključivao antraks. Kasnije je otkriveno da je pristup soju antraksa koji se koristio u napadima, soj Ames, kontrolirao Battell.
Osim toga, FBI-jev navodni “pištolj iz kojeg se puši” korišten za povezivanje Brucea Ivinsa s napadima antraksa bila je činjenica da je za tikvicu s oznakom RMR-1029, koja se nalazila u Ivinsovom laboratoriju, utvrđeno da je njegov “roditeljski” soj. Ipak, kasnije će se otkriti da je dijelove RMR-1029 Ivins poslao u Battelleov objekt u Ohiju prije napada antraksom. Analiza vode korištene za proizvodnju antraksa također je otkrila da su spore antraksa stvorene na sjeveroistoku Sjedinjenih Država, a naknadne analize suzile su jedine moguće izvore jer dolaze iz jednog od tri laboratorija: 1. Fort Detrick, 2. Laboratorij Sveučilišta u Scrantonu ili 3. objektu – Battelle’s West Jefferson.
Nakon Ivinsovog preuranjenog “samoubojstva” 2008.godine, Odvjetnici za građanske parnice Ministarstva pravosuđa javno su osporili tvrdnje FBI-a da je Ivins krivac i umjesto toga “sugerirali da je privatni laboratorij u Ohiju” kojim upravlja Battelle “mogao biti uključen u napade”.
Patrickov rad s Battelleom na stvaranju snažnije verzije antraksa, kao i njegov rad sa SAIC-om u proučavanju učinka antraksa poslanog poštom, započeo je otprilike u isto vrijeme kada je BioPort osigurao monopol nad proizvodnjom cjepiva protiv antraksa, koje je Pentagon nedavno proglasio obveznim za sve američke trupe. Kao što je detaljno opisano u drugom dijelu ovog serijala, BioPortov pogon koji je proizvodio cjepivo protiv antraksa bio je u to vrijeme prepun problema i izgubio je licencu za rad. Unatoč tome što je Pentagon dodijelio milijune dolara Bioportu za obnovu postrojenja, velik dio tog novca umjesto toga otišao je na bonuse višeg menadžmenta i preuređenje izvršnih ureda. Milijuni su jednostavno “nestali”.
Godine 2000., nedugo nakon što je primio prvu pomoć Pentagona, BioPort je unajmio nikog drugog do Battelle Memorial Institute. Ugovor je omogućio Battelleu “trenutni pristup cjepivu” koje je korišteno u vezi s programom genetski modificiranog antraksa koji je uključivao i Alibeka i Patricka. Taj je program zatim počeo koristiti cjepivo koje je proizveo BioPort u testovima u svom pogonu u West Jeffersonu. U to vrijeme Battelle je također posuđivao “tehničku ekspertizu” BioPort-u i unajmio 12 radnika da ih pošalju u BioPortov problematični pogon u Michiganu “kako bi operacija nastavila teći”.
U to vrijeme, glasnogovornica BioPort-a izjavila je “S Battelleom imamo odnos koji nam omogućava proširivanje dosega na ljude koje pokušavamo privući na ključne pozicije na našoj tehničkoj strani. Oni nam također pomažu u testiranju potencije kao svojevrsne sigurnosne kopije. Provjeravaju naše testove potencije.” U izvješćima o ugovoru BioPort-Battelle navedeno je da uvjeti njihovog sporazuma nisu javno objavljeni, ali se također napominje da su dvije tvrtke “ranije zajedno radile na neuspjeloj ponudi za izradu drugih cjepiva za vladu”.
Kao što je prethodno navedeno u drugom dijelu ove serije, BioPort je trebao u potpunosti izgubiti ugovor za izradu cjepiva protiv antraksa u kolovozu 2001., no cjelokupni posao s cjepivom protiv antraksa spašen je napadima antraksa 2001., zbog kojih je fokus sa zabrinutosti oko korupcije BioPort-u pomjeren na vatrene zahtjeve za više svog cjepiva protiv antraksa.